总之，朱有见的方针就是把政治案局限在司法范围内。魏忠贤死后，看着各种弹劾与反弹劾的奏章，现在的崇祯皇帝，估量着各自的党派。最后挑选了比较中立的温体仁负责调查阉党案。于是从天启七年冬到崇祯元年春，整个朝堂除了处理一些必备的朝政，整个就是围着魏党案展开了。
朱有见第一个方针就是，不管弹劾的什么罪名，只要是《大明律》中没有的，一律不以犯罪论，这叫罪刑法定。这条方针公布开以后，对魏党分子的弹劾就从鸡毛蒜皮开始集中在了几个大案要案上了。
按照惯例，凡是被弹劾者，都要自己请辞，以待调查。这次新皇帝发布了一个敕令，让被弹劾者到朝廷上接受弹劾者的控诉，并且允许自我辩解以及他人辩护。
《大明律》中规定了“奸党罪”，其中有“上书言大臣德政”这样的荒唐规定。很多人理屈词穷，无中生有，别人为被攻击者辩护，他便扣上结党的罪名。朱有见敕令废除“奸党罪”（朱有见撤销这一条“奸党罪”，是有目的的。）。虽然东林党人秉承程朱理学，反对任何不遵古制的规定，但是这一条直接对他们有利，也就不好说什么了。同时原来的“阉党分子”，被扣上的很多罪名，经过质证、辩论，最终因为证据不足而被宣布撤销。
其中有一条为魏忠贤建圣祠的罪名，很是*蛋。这条罪名可大可小，往大了说，就是“违制”，是杀头大罪。而实际上，很多地方官，在阉党势大的政治环境中根本没有选择。名将袁崇焕之类，也曾不得已而为魏忠贤建过生祠。经过朝堂上的质证和辩护，最后朱有见又敕令：凡是因为建了圣祠而升官的，都贬回原官，没有因此升官的，都不再追究。
最后，对所有涉案官员，查证属实的，编列案卷，定罪量刑。针对这个环节，朱有见又发布敕令：废除《大明律》规定的“五刑”之外的所有刑罚方式，包括凌迟、腰斩等，并且限制株连的范围，废除族诛酷刑。
朱有见这一世，对处理魏忠贤案的问题上没有搞大清洗。没有出过人命案子的都没有判处死刑。但是对直接导致杨涟、左光斗冤死狱中的责任人都判处了斩立决。这让东林党人的恶气终于顺了。敕令东西厂和锦衣卫毁弃刑具，禁止酷刑。朱有见准备在全国范围内禁止刑讯*供，但是现在还都来不及。
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