浙江船队原有700艘战船，1440年已不及一半，新江口船队400艘战舰，至1474年仅存140艘，重要水师基地登州卫，曾拥有100艘战船，1503年，只剩下3艘，同时舰船制造业衰落，。
郑和远征时2000料的宝船在海港中慢慢烂掉，至十六世纪初，明朝水师所用的最大战船只有400料，而且都是用旧船的木料建造的。
海防战略退步，海防线内缩。
明初实行进攻型的防御战略，针对来自倭寇的海上威胁，明朝每一年都派出上千艘战舰在南北海域内巡逻，即所谓春巡与夏巡。
首先以舰队巡逻于海上，警戒侦察和寻机歼敌，当倭寇深入内海，则集中水师与外岛守军协同歼灭。
若倭寇登陆，则以水师与沿海卫所驻军协同歼灭，此外明军还经常出动舰队攻击敌占岛屿，粉碎倭寇的基地。
进攻型战略的顶点是在追击倭寇的战斗中明军曾到达朝鲜海岸与琉球群岛。
在明朝水师的打击下，倭寇遭受重创，15世纪中叶倭寇入侵只有14次，其中10次被粉碎，加之大明与日本勘和贸易兴起，倭寇有了合法的贸易渠道，倭患最终消失。
而为了消除来自东南亚方向的海上威胁，郑和的船队曾在马六甲海峡展开战斗，总之，歼敌于海上是海防战略的核心。
仁宣之后，明朝开始收缩海防，远洋船队被召回，大型舰只停止建造，岛屿基地被放弃，撤退政策使水师受到重创，海防线被从远海甚至外洋压回海岸。
当然海军的衰落是相对而言的，直至十六世纪大明水师依旧能在南中国海三次击败横行印度洋的葡萄牙海军。
抗倭作战的一度失败也主要不在装备和战术方面，那实际上是在与一支由中国商人装备和指挥的日本雇佣军作战。
但海军的大衰落是无可置疑的，郑和时代中国曾拥有后世美国海军所拥有的地位，但到明朝后期，海军再也找不到海上远征时的盛况，它已经从一支远洋海军衰落成海上警卫队。
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