鉴于玛丽表面礼仪上的优待，还有英格兰这个前车之鉴（玛丽总是默默感怀，有亨利八世这个出头鸟真的太棒了），留在苏格兰的顽固旧教徒暂无过激行动。一方面，虽然女王对教义不特别精通，但她找到的《圣经》原文，确实令他们难以辩驳；另一方面，博斯维尔的禁卫军在维（；）稳方面颇有建树，诸位勋爵也还肯配合做事，手无寸铁者难以反抗。
对于最淳朴的平民来说，无非是剥削压迫者的头子合二为一；教堂又没撤，日常生活好像也不太受影响。嗯，在他们眼中，女王陛下肤白貌美，威仪满满，值得敬爱；她又给他们发了些农用物资，还说要带领大家耕牧致富，更该发自内心的拥戴了。
什么，领主和教士在扯皮？这个，双方都得罪不起，咱还是埋头干自己的活去吧。
在玛丽威逼利诱之下，苏格兰“宗教改革”的初始阶段，可以说相当之平稳。
她也随之发现，“小国”果然有“小国”的好处——人口少，上层更少，掌控起来，相对容易。
当然，总有人不吃她那一套。
教皇在苏格兰的代表，即他的鹰犬，瞧着玛丽越来越不顺眼。可是，在此边陲之地，罗马教廷的势力有限；偏偏西班牙、法兰西、英格兰三国的和谈才起头，为一点“小纠纷”大动干戈不可能，甚至连“教训”一下都不合适。
毕竟，消息通过去本就慢；而且教皇正忙得很，连起草一份严厉的外交辞令，都不大容易。
——玛丽正衷心感谢前些年的战乱，消耗了西班牙、法兰西、英格兰等国的诸多储备，让他们对外动武的能耐大大减低。接下来，苏格兰也就有希望在夹缝中发展，成为她的第一个改革试验田。
不过，玛丽还很需要顾及瓦卢瓦王室的情绪，尤其是亨利二世。于是，她很“诚恳”的写了一封长信，向公公解释了她这些日子在苏格兰的所作所为。
她写道，国内新教势力生长凶猛（其实还好），邻国伊丽莎白的宗教倾向鼓舞了一批不安分的领主（这个倒没错），且民意汹涌（远没那么糟）；她为了平衡紧张局势，过于冲动，在和丈夫商量之前，就擅自主张（胆大妄为），模仿了英格兰的某些改革措施，以示妥协。她声明，她对罗马教廷始终心怀景仰，此次冒犯纯属无奈，请求谅解。
她在信中，百般示弱，恳请亨利二世的支持与帮助；她强调自己是瓦卢瓦王室的从属，心系王室的利益，绝对与法兰西同进退。
这些纸上的优美措辞，要稳住远在巴黎的法国国王，并不困难。毕竟，法籍的大统帅蒙哥马利，正因为英格兰政局变动，在几位“值得信任”的苏格兰勋爵的陪伴下，屯兵边境；他耳朵里灌满了爵爷们为女王改革找出的理由，他所见皆是他们对法兰西战略的忠实执行。而另一个正宗法国贵女，玛丽·德·吉斯，撑着虚弱病体，亦在信中为女儿求情。
这位母亲，可谓玛丽的一桩憾事。回苏格兰之后，她就发现，王太后的身体比先前明显羸弱太多。经历过五次生育，步入更年期的玛丽王太后如今深受妇科疾患的困扰；然而医师并无妙法，玛丽也束手无策——这些，不是靠医疗知识和普通护理手段就能解决的，穿越女如她，只能眼见生身母亲渐渐枯瘦下去。
更令玛丽感怀的，是这位病弱王太后，放权颇为痛快，把亲信力量早早移交给了女儿；其中就包括梅特兰德。这位被前任女主子认可的首席秘书，在锐意进取的玛丽眼中，果然精明能干，是未来可被聘管财政的好苗子——更别提，他似乎有意于自己身边的弗莱明小姐，十分方便笼络。
当玛丽开始改革，这位虔诚的天主教徒王太后，尽管有些受打击，却轻易听信了女儿的安抚，并为孩子祈祷，宁愿自己承担基督的不满，只求女王诸事顺遂、平安健康。
种种举措，都像是在弥补十余年来错失的亲情……惹得玛丽和她母女拥抱，掉了好多滴眼泪。
母亲的遗憾似乎在消弭……待收到亨利二世的回信，玛丽更觉安心了。
公公很善解人意。他表达了理解，和保护她的信念，以及向罗马教皇辩解的打算。他还微微暗示，自己亦认为，世俗化王权高于教权是时代趋势。于是，玛丽更敞开心扉，同法国国王再次阐明接下来的计划——邻国局势尚稳，难以贸然干涉；最好先承认伊丽莎白，且暂不强求英格兰王位。
这封回信，玛丽又洋洋洒洒写了个大长篇，分析现状，展露观点。其涉及外交的部分，与她给邻国的文书保持基本一致。没错，她已经同伊丽莎白通过信了——苏格兰君主对新女王继位表示恭喜，承认她合法；声称自己渴望和平，不喜欢血腥；末了，她表示，希望她能被增加为英格兰的合法继承人，最好是排在伊丽莎白的表侄女、格雷姐妹之前。
此外，玛丽还妄想着一石二鸟。和公公的通讯中，她直白提到了那个加尔文的学生，约翰·诺克斯。
“我认为，此人极其危险。苏格兰的极端新教势力，几乎都受到他的指使。苏格兰目前的宗教政策，只拦住了各领主投向新教的心，并不曾给新教徒开赦。所以，那些激进分子动乱的理由犹在。如果不加以控制，我恐怕，未来此人还会在境内掀起轩然大波。”
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